電泳后檢測蛋白是否遷移正確與平均,可采用鋅染(負染)、膠染(blue silver)或考馬斯藍染色檢測,如果凝膠中的蛋白需要進行轉膜則需可逆的鋅染法,否則可以采用不可逆考馬斯亮藍法染色。雜交膜的選擇是決定 Western blot 成敗的重要環節。應根據雜交方案、被轉移蛋白的特性以及分子大小等因素,選擇合適材質、孔徑和規格的雜交膜。
用于 Western blot 的膜主要有兩種:硝酸纖維素膜(NC) 和PVDF 膜。膜是蛋白印跡實驗的標準固相支持物,在低離子轉移緩沖液的環境下,大多數帶負電荷的蛋白質會與膜發生疏水作用而高親和力的結合在一起,但在非離子型的去污劑作用下,結合的蛋白還可以被洗脫下來。根據被轉移的蛋白分子量大小,選擇不同孔徑的膜。因為隨著膜孔徑的不斷減小,膜對低分子量蛋白的結合就越牢固。通常用 0.45μm 和 0.2μm 兩種規格的膜。大于20kD 的蛋白可用 0.45μm 的膜,小于20kD 的蛋白就要用 0.2μm 的膜了,如用 0.45μm 的膜就會發生“Blowthrough”的現象。常用于 Western Blot 的轉移膜主要是硝酸纖維素(Nitrocellulose, NC)膜和聚偏二氟乙烯(Polyvinylidene Fluoride, PVDF)膜,此外也有用尼龍膜、DEAE 纖維素膜做蛋白印跡。尼龍膜和 NC 膜的特點相似,主要用于核酸雜交。雜交膜上有很多非特異性的蛋白質結合位點,為防止這些位點與抗體結合引起非特異的染色和背景,一般用惰性蛋白質或非離子去污劑封閉膜上的未結合位點來降低抗體的非特異性結合。封閉劑應該封閉所有未結合位點而不替換膜上的靶蛋白、不結合靶蛋白的表位,也不與抗體或檢測試劑有交叉反應。