你知道什么是瓊脂糖凝膠電泳嗎？

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一、瓊脂糖凝膠的特點

核酸分子是兩性解離分子，在高于其等電點的電泳緩沖液中，其堿基不解離，而磷酸基團全部解離，核酸分子因而帶負(fù)電荷，電泳時向正極遷移。

瓊脂糖主要從海洋植物瓊脂中提取而來并經(jīng)糖基化修飾，為一種聚合鏈線性分子，使用瓊脂糖凝膠作為電泳支持介質(zhì)，發(fā)揮分子篩功能，使得大小和構(gòu)象不同的核酸分子的遷移率出現(xiàn)較大差異，從而達(dá)到分離的目的。

因此，目前多用瓊脂糖為電泳支持物進(jìn)行平板電泳，其優(yōu)點如下。

（1）瓊脂糖凝膠電泳操作簡單，電泳速度快，樣品不需事先處理就可以進(jìn)行電泳。

（2）瓊脂糖凝膠結(jié)構(gòu)均勻，含水量大（約占 98%~99%），近似自由電泳，樣品擴散較自由電流，對樣品吸附極微， 因此電泳圖譜清晰，分辨率高，重復(fù)性好。

（3）瓊脂糖透明無紫外吸收，電泳過程和結(jié)果可直接用紫外光燈檢測及定量測定。

（4）電泳后區(qū)帶易染色，樣品極易洗脫，便于定量測定。制成干膜可長期保存。

二、DNA 的瓊脂糖凝膠電泳

瓊脂糖凝膠電泳對核酸的分離作用主要是依據(jù)它們的相對分子量質(zhì)量及分子構(gòu)型，同時與凝膠的濃度也有密切關(guān)系。

1. 核酸分子大小與瓊脂糖濃度的關(guān)系

（1）DNA分子的大小在凝膠中，DNA 片段遷移距離（遷移率）與堿基對的對數(shù)成反比，因此通過已知大小的標(biāo)準(zhǔn)物移動的距離與未知片段的移動距離時行比較，便可測出未知片段的大小。

（2）瓊脂脂糖的濃度 如下表所示，不同大小的DNA需要用不同濃度的瓊脂糖凝膠進(jìn)行電泳分離。

核酸構(gòu)型與瓊脂糖凝膠電泳分離的關(guān)系

2. 同構(gòu)型 DNA 的移動速度次序為：供價閉環(huán) DNA（covalently closed circular，cccDNA）>直線 DNA>開環(huán) 的雙鏈環(huán)狀 DNA。

當(dāng)瓊脂糖濃度太高時，環(huán)狀 DNA不能進(jìn)入膠中，相對遷移率為 0（Rm=0），而同等大小的直線雙鏈 DNA（剛性棒狀）則可以長軸方向前進(jìn)（Rm>0），由此可見，這三種構(gòu)型的相對遷移率主要取決于凝膠濃度，但同時，也受到電流強度、緩沖液離子強度等的影響。

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